Taxonomie : identifier par calcul

Lire aussi l'article Systématique dans le menu Microbiologie.

Le principe de base est de réaliser un calcul de probabilités à partir :

• d'une base de données, c'est-à-dire essentiellement des tableaux de pourcentage de positivité de caractères pour les différents taxons (les tableaux “API”)
• du profil obtenu au laboratoire

Ce calcul consiste à

• calculer la probabilité de chaque taxon : c'est le produit des probabilités élémentaires, c'est-à-dire la probabilité pour un taxon déterminé de l'obtention du caractère du profil pour ce taxon. Cette probabilité élémentaire est simplement le pourcentage quand le caractère est positif et 100 - le % si le caractère est négatif.
• “normaliser” les probabilités de façon à ce que la somme des probabilités des différents taxons soit de 1 (100 %). En effet, une probabilité ne peut qu'être comprise en 0 et 1. Toutefois, cette opération n'est pas absolument indispensable… Se pose un problème si toutes les probabilités sont nulles.
• déterminer le bon taxon qui est celui dont la probabilité est la plus forte. Il serait bon d'établir la liste des taxons possibles mais ce serait un peu plus complexe.

Deux méthodes sont utilisées dans la feuille téléchargeable :

• une méthode classique et simple accessible à tous,

• une méthode mettant en jeu des formules matricielles un peu plus délicates à maîtriser. Il faut au préalable s'informer sur ces formules matricielles.

La feuille de calcul simple est disponible par téléchargement : Fichier taxon/taxonnew.xls

La feuille téléchargeable permet d'identifier la plupart des microorganismes si l'on possède un tableau de %. Elle est plus complexe mais fonctionne sur le même principe. Des explications figurent dans la feuille. Elle est utilisable sans souci au laboratoire.

Vous pouvez ajouter des tableaux, ou me les transmettre pour que je le fasse et le fasse partager à tous.

Des dysfonctionnements sont fréquents : merci de me les signaler.

Fichier : identification2011.xls