Orientation de l'identification bactérienne
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ATTENTION : il arrive très fréquemment que la recherche soit orientée par des milieux spéciaux (recherche des Mycobactéries, des Legionella, des Salmonella…)
Face à l’identification d'une bactérie isolée sur une gélose (ou plusieurs), la première opération est de réaliser la macroscopie et de s'interroger sur la nature de la gélose et de l'atmosphère d'incubation. L'origine de la bactérie (le contexte) a une certaine importance : il arrive souvent que l'on “aille à la pêche” de certaines bactéries (comme les Salmonella).
1. La bactérie ne cultive qu'en anaérobiose :
attention, cette orientation n'est possible que si l'absence de culture est mise en évidence !
2. La bactérie ne cultive qu'en microaérophilie :
attention cette orientation n'est possible qu'en absence de culture en anaérobiose et en aérobiose…
Dans le cas contraire : la bactérie est aérobie ou aéroanaérobie
3. La bactérie cultive en aérobiose
La nature de la gélose est prise en compte :
- la bactérie cultive sur gélose ordinaire et éventuellement sur d'autres géloses (y compris des eux sélectifs comme Drigalski, Chapman,… : bactérie de culture facile
- la bactérie ne cultive pas sur gélose ordinaire mais seulement sur des milieux riches (gélose au sang frais ou la gélose Chocolat enrichie (gélose Chocolat + supplément NAD - Glucose)) : bactérie de culture difficile
- la bactérie cultive sur milieux riches mais on ne dispose pas de renseignement sur sa culture sur gélose ordinaire
- des milieux spéciaux sont utilisés : la procédure sera adaptée en fonction du milieu (ex : culture des Mycobactéries sur Lowenstein-Jensen, des Legionella sur gélose spéciales…).
Deux examens microscopiques sont réalisés sur colonie :
le Gram :
il détermine
- la forme de la bactérie (bacille régulier, bacille de forme irrégulière, coque ou coccobacille… ) et le groupement (diplo, chainettes, …)
- la couleur (Gram + ou -)
- la présence de filaments
- la présence d'endospores (qui peuvent être confirmés par une coloration de Moeller ou Wirtz)
l'État frais :
il détermine
- la mobilité
- le type de mobilité (lié à une ciliature péritriche ou polaire)
Colorations particulières :
Dans des cas particuliers, la coloration de Ziehl-Neelsen ou de Kinyoun peut orienter vers les Mycobactéries.
Deux tests enzymatiques peuvent être réalisés
- la catalase (en général uniquement pour les Gram +, les Gram - étant généralement positifs). Elle est très délicate sur gélose au sang frais. Si les colonies sont petites, les résultats peuvent ne pas être fiables.
- l'oxydase (en général uniquement pour les Gram -, les Gram + étant généralement négatifs). Une quantité insuffisante de culture testée peut conduire à un faux négatif.
L'ensemble des renseignements permet une orientation vers des groupes de bactéries. Une galerie d'identification biochimique est réalisée, en fonction de ces renseignements, pour identifier avec plus de précision le taxon.
ORIENTATION
| ==== BACTÉRIE DE CULTURE FACILE ==== |
|---|
| BACTÉRIE GRAM - de culture facile |
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| Oxydase + |
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| * coque : orientation Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae) |
| * bacille ou coccobacille : bactérie dite NE (non entérobactérie) : orientation bactéries gram - aérobie stricte (Pseudomonas et apparentés, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae) |
| Oxydase - |
|---|
| * coque : orientation vers Acinetobacter (diplocoques). La détermination de la forme est souvent très délicate…) |
| * bacille ou coccobacille |
| * à ciliature polaire : orientation Bactéries Gram - Non Enterobactéries voir : Pseudomonas et apparentés, Stenotrophomonas, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae oxydase -) |
| * à ciliature péritriche ou immobile : orientation Enterobactérales (Enterobacteriaceae et autres) |
| BACTÉRIE GRAM + de culture facile |
|---|
| Catalase + |
|---|
| * coque : orientation coques gram positif catalase positive (Staphylococcaceae ou Micrococcaceae) |
| * bacille : orientation bacille gram + aérobie |
| * sporulé : orientation Bacillaceae et apparentés |
| * acidoalcoolorésistant (BAAR) culture souvent très difficile orientation Mycobactéries |
| * formes pseudomycélienne orientation vers Actinomycétales NON RÉALISÉ |
| * formes irrégulières : (massues, haltères) orientation Corynebactéries |
| * formes régulières : orientation Listeria |
| Catalase - |
|---|
| * coque : orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…) |
| * bacille :formes régulières (normalement de culture difficile) : orientation Lactobacillus |
| ==== BACTÉRIE DE CULTURE DIFFICILE ==== |
|---|
La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire. Si la bactérie est isolée sur milieu riche sans que l'on puisse savoir son comportement sur gélose ordinaire, l'orientation peut être faite tant avec le tableau Culture facile que difficile. On s'aidera du contexte et du but de l'opération.
| BACTÉRIE GRAM - de culture difficile |
|---|
| Oxydase + |
| * coque : orientation vers Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae…) |
| * bacille ou coccobacille : orientation vers orientation Pasteurellaceae (dont Haemophilus) |
| Oxydase - |
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| * bacille ou coccobacille, ciliature absente : orientation vers orientation Pasteurellaceae |
| BACTÉRIE GRAM + de culture difficile |
|---|
| Catalase + |
La plupart de ces bactéries usuelles sont de culture facile.
| Catalase - |
|---|
| * coque : orientation vers orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…) |
| * bacille de formes régulières : orientation Lactobacillus |
| * Acido-alcoolo-résistant : orientation vers orientation Mycobactéries |
Remarques :
Le concept de culture facile/difficile est particulièrement flou. Dans chaque groupe microbien peuvent coexister des bactéries de culture facile et d'autres de culture difficile. C'est par exemple le cas des Mycobactéries…
Dans certains cas, comme pour les coques Gram +, les colonies sont petites, sinon très petites : on devrait les considérer de culture difficile. De plus, les tests enzymatiques d'orientation avec les enzymes liées à la vie aérobie sont quasiment impossibles à réaliser de façon fiable.
Pour nombre de bactéries, l'isolement n'est possible que sur un milieu spécifique : l'orientation ne sera possible qu'avec la connaissance de ce milieu. C'est le cas pour les mycobactéries tuberculeuses, pour les Legionella… Leur recherche est donc orientée.
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