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| souchier [2024/10/13 19:33] – [Autres sources] techmicrobio57 | souchier [2024/10/14 14:29] (Version actuelle) – techmicrobio |
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| ===== 1. Conservation souches ===== | ===== 1. Conservation souches ===== |
| Souches microbiennes Conservation Acarien | |
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| ==== Droit ==== | ==== Droit ==== |
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| Il n'est pas très évident de savoir quelles souches il est possible de conserver au laboratoire d'un établissement scolaire. Les souches naturelles provenant de l'environnement ou de malades (voir §2) ne devraient peut-être pas être conservées. Cette opinion ne parait pas très sérieuse au vu du peu de danger, d'un risque très limité dans le cadre d'une manipulation normale et de l'intérêt particulier de certaines souches. Pensons aux //Klebsiella// à BLSE indispensables en BTS ABM : en les conservant dans le souchier on évite leur recherche à l'hôpital et donc un transport dangereux ! Ne déplaçons donc pas le risque. Et n'oublions pas les champignons allègrement trouvés dans notre environnement, et qu'il n'est pas facile d'acheter ! (à qui ?) | Il n'est pas très évident de savoir quelles souches il est possible de conserver au laboratoire d'un établissement scolaire. Les souches naturelles provenant de l'environnement ou de malades (voir §2) ne devraient peut-être pas être conservées. Cette opinion ne parait pas très sérieuse au vu du peu de danger, d'un risque très limité dans le cadre d'une manipulation normale et de l'intérêt particulier de certaines souches. Pensons aux //Klebsiella// à BLSE indispensables en BTS ABM : en les conservant dans le souchier, correctement étiquetées, on évite leur recherche à l'hôpital et donc un transport dangereux ! Ne déplaçons donc pas le risque. Et n'oublions pas les champignons allègrement trouvés dans notre environnement, et qu'il n'est pas facile d'acheter ! (à qui ?) |
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| ==== Conservation ==== | ==== Conservation ==== |
| ^ Microorganisme ^ | ^ Microorganisme ^ |
| | Souche lyophilisée de Corynebactérie| | | Souche lyophilisée de Corynebactérie| |
| |{{ ::souchelyophyr.jpg?nolink|}}| | |{{ :souchier:souchelyophyr.jpg?nolink|}}| |
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| Le tiroir ouvert montre les tubes réserves : deux géloses inclinées pour les souches de conservation facile. Les tubes visibles sont les Gram +, les Gram - sont en arrière avec un carton rose ! Normalement un seul manipulateur.Un tiroir contient les souches courantes en bouillon pour la préparatrice qui fait les ensemencements.Un tiroir contient les champignons avec de l'antimite pour éviter les acariens. Les géloses sont des géloses sabouraud, parfois des géloses "ordinaires" qui conviennent la plupart du temps. | Le tiroir ouvert montre les tubes réserves : deux géloses inclinées pour les souches de conservation facile. Les tubes visibles sont les Gram +, les Gram - sont en arrière avec un carton rose ! Normalement un seul manipulateur.Un tiroir contient les souches courantes en bouillon pour la préparatrice qui fait les ensemencements.Un tiroir contient les champignons avec de l'antimite pour éviter les acariens. Les géloses sont des géloses sabouraud, parfois des géloses "ordinaires" qui conviennent la plupart du temps. |
| Une armoire très pratique (au lycée) \\ | Une armoire très pratique (au lycée) \\ |
| {{:souchier:souchier2.jpg?200|}} | {{:souchier:souchier:souchier2.jpg?200|}} |
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| * que nos élèves peuvent manipuler tout organisme de classe 2 utile, à la condition expresse que leur niveau de compétence technique soit correct et que le laboratoire dans son ensemble (matériel et personnel) le permette. | * que nos élèves peuvent manipuler tout organisme de classe 2 utile, à la condition expresse que leur niveau de compétence technique soit correct et que le laboratoire dans son ensemble (matériel et personnel) le permette. |
| * Liste à puceque les souches utilisées doivent être stockées dans de bonnes conditions de sécurité (signalétique, salles fermées à clé…) et de traçabilité (un cahier doit répertorier toutes les souches utilisées avec un maximum d'informations, en particulier de leur provenance). | * que les souches utilisées doivent être stockées dans de bonnes conditions de sécurité (signalétique, salles fermées à clé…) et de traçabilité (un cahier doit répertorier toutes les souches utilisées avec un maximum d'informations, en particulier de leur provenance). |
| * qu'il est inutile de détenir des souches pathogènes non nécessaires aux TP et s'interroger sur les possibilités d'utiliser des non pathogènes à la place des pathogènes. | * qu'il est inutile de détenir des souches pathogènes non nécessaires aux TP et s'interroger sur les possibilités d'utiliser des non pathogènes à la place des pathogènes. |
| Quelques problèmes subsistent : | Quelques problèmes subsistent : |
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| En France c'est essentiellement l'INSTITUT PASTEUR qui peut délivrer des souches sous forme lyophylisée. | En France c'est essentiellement l'INSTITUT PASTEUR qui peut délivrer des souches sous forme lyophylisée. |
| (INSTITUT PASTEUR Service de la collections des souches microbiennes 75015 PARIS Téléphone : 01 47 41 79 33). Prix : environ 25€ pour les établissements scolaires (réduction de 50 % à demander pour les souches indiquées dans la liste Pasteur de la circulaire). On nous demande une décharge de responsabilité pour une bactérie "banale" comme //Streptococcus pneumoniae//. | (INSTITUT PASTEUR Service de la collections des souches microbiennes 75015 PARIS Téléphone : 01 47 41 79 33). Prix : environ 25 € pour les établissements scolaires (réduction de 50 % à demander pour les souches indiquées dans la liste Pasteur de la circulaire). On nous demande une décharge de responsabilité pour une bactérie "banale" comme //Streptococcus pneumoniae//. |
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| Toutefois, on peut s'adresser à l'INRA, qui peut délivrer, à des conditions avantageuses, de nombreuses souches, liées aux plantes, pathogènes ou non chez les animaux et les hommes, d'intérêt technologique… Merci à Lydie NOSSEREAU pour l'information. | Toutefois, on peut s'adresser à l'INRA, qui peut délivrer, à des conditions avantageuses, de nombreuses souches, liées aux plantes, pathogènes ou non chez les animaux et les hommes, d'intérêt technologique… Merci à Lydie NOSSEREAU pour l'information. |
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| Souche lyophilisée de Corynebactérie | ^ Microorganisme ^ |
| | | Souche lyophilisée de Corynebactérie| |
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| | Ces souches sont livrées en 2002 dans un emballage de sécurité, sorte de boîte de conserve : |
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| Ces souches sont livrées en 2002 dans un emballage de sécurité, sorte de boîte de conserve : | |
| Il est aussi possible de s'adresser à la DSM en Allemagne. (Deutche Sammlung von Mikroorganismen, Griesbachstrasse 8, D-3400 Göttingen RFA, Téléphone 19 49 551 39 3827). Prix : ??? par souche pour les établissements scolaires. La légalité de leur achat n'est pas évidente... | Il est aussi possible de s'adresser à la DSM en Allemagne. (Deutche Sammlung von Mikroorganismen, Griesbachstrasse 8, D-3400 Göttingen RFA, Téléphone 19 49 551 39 3827). Prix : ??? par souche pour les établissements scolaires. La légalité de leur achat n'est pas évidente... |
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| | //Escherichia coli// et d'autres Entérobactérales | seront facilement trouvées dans les selles normales ou dans des eaux polluées.| (milieu : Drigalski, SS, Hektoen et même sur Gélose ordinaire)| | | //Escherichia coli// et d'autres Entérobactérales | seront facilement trouvées dans les selles normales ou dans des eaux polluées.| (milieu : Drigalski, SS, Hektoen et même sur Gélose ordinaire)| |
| | //Enterococcus// (Streptocoques fécaux) | seront aussi facilement isolés des selles normales |(milieu : BEAA et même sur Gélose ordinaire) ou d'eaux polluées.| | | //Enterococcus// (Streptocoques fécaux) | seront aussi facilement isolés des selles normales |(milieu : BEAA et même sur Gélose ordinaire) ou d'eaux polluées.| |
| | //Staphylococcus et Micrococcus// | seront facilement isolées à partir des doigts posés sur la gélose ou de la peau | (milieu : Chapman ou Gélose ordinaire).L'isolement de Staphylococcus aureus est très probable. | | | //Staphylococcus et Micrococcus// | seront facilement isolées à partir des doigts posés sur la gélose ou de la peau | (milieu : Chapman ou Gélose ordinaire).L'isolement de //Staphylococcus aureu//s est très probable. | |
| | //Pseudomonas//| sera facilement isolé de la terre des pots de fleurs, de l'eau des vases |(milieu : gélose au cétrimide ou Gélose ordinaire)| | | //Pseudomonas//| sera facilement isolé de la terre des pots de fleurs, de l'eau des vases |(milieu : gélose au cétrimide ou Gélose ordinaire)| |
| | //Bacillus//| sera facilement isolé comme contaminant ou à partir de milieux chauffés dans lesquels les spores auront germé. On peut aussi trouver Bacillus thuringiensis dans un insecticide biologique chez son "grainetier"... (la culture à partir de l'insecticide est toutefois délicate et nécessite souvent un choc thermique pour déclencher la germination) |(milieu Gélose ordinaire) {{:souchebtinsecticider.jpg?200|}}| | | //Bacillus//| sera facilement isolé comme contaminant ou à partir de milieux chauffés dans lesquels les spores auront germé. On peut aussi trouver //Bacillus thuringiensis// dans un insecticide biologique chez son "grainetier"... (la culture à partir de l'insecticide est toutefois délicate et nécessite souvent un choc thermique pour déclencher la germination) |(milieu Gélose ordinaire) {{:souchier:souchebtinsecticider.jpg?200|}}| |
| |//Bacillus cereus// IP5832 (=ATCC14893) |est facilement isolé de "l'antidiarrhéique" "Bactisubtil" des Laboratoires Merrel Dow, vendu en pharmacie. Cette forme semble abandonnée en 2002.|gélose ordinaire {{:souchebacilsubtilr.jpg?200|}}| | |//Bacillus cereus// IP5832 (=ATCC14893) |est facilement isolé de "l'antidiarrhéique" "Bactisubtil" des Laboratoires Merrel Dow, vendu en pharmacie. Cette forme semble abandonnée en 2002.|gélose ordinaire {{:souchier:souchebacilsubtilr.jpg?200|}}| |
| |Lactobacillus |isoler sur milieu MRS un yaourt (la culture de ces bactéries est difficile). On peut aussi utiliser des gélules vaginales à Lactobacillus acidophilus vendues en pharmacie. {{:souchelactobgeluler.jpg?200|}}|| | |Lactobacillus |isoler sur milieu MRS un yaourt (la culture de ces bactéries est difficile). On peut aussi utiliser des gélules vaginales à Lactobacillus acidophilus (nommé par le distributeur //Lactobacillus casei, variété rhamnosus Döderleini// vendues en pharmacie. {{ :souchier:souchelactobgeluler.jpg?120|}}|| |
| |Moisissures (//Mucor, Rhizopus, Penicillium, Aspergillus)//… : |faciles à récupérer sur des aliments envahis par les moisissures ou dans les fromages. |Le milieu à utiliser, s'il s'agit d'un mélange, est la gélose Sabouraud au choramphénicol (ou à la gentamycine) mais ces champignons cultivent sur gélose ordinaire. Attention à la température d'incubation| | |Moisissures (//Mucor, Rhizopus, Penicillium, Aspergillus)//… : |faciles à récupérer sur des aliments envahis par les moisissures ou dans les fromages. |Le milieu à utiliser, s'il s'agit d'un mélange, est la gélose Sabouraud au choramphénicol (ou à la gentamycine) mais ces champignons cultivent sur gélose ordinaire. Attention à la température d'incubation| |
| |Levure : |on peut utiliser les gélules d'Ultralevure® pour en cultiver //Saccharomyces cerevisiae dit boulardii//, ou la levure du boulanger... (//Saccharomyces cerevisiae//). Comme les moisissures, il est possible de les isoler du fromage, du cidre... De l'air est isolable //Rhodotorula rubra//. Cette levure cultivant bien à 4°C sera aussi isolée de milieux de culture gardé au frigo (notamment le LB Gélosé + ampicilline).{{:souchesaccharomycesgelulenr.jpg?200|}}|| | |Levure : |on peut utiliser les gélules d'Ultralevure® pour en cultiver //Saccharomyces cerevisiae dit boulardii//, ou la levure du boulanger... (//Saccharomyces cerevisiae//). Comme les moisissures, il est possible de les isoler du fromage, du cidre... De l'air est isolable //Rhodotorula rubra//. Cette levure cultivant bien à 4°C sera aussi isolée de milieux de culture gardé au frigo (notamment le LB Gélosé + ampicilline).{{:souchier:souchesaccharomycesgelulenr.jpg?200|}} {{:souchier:levure_cube.jpg?200|}} {{:souchier:levure_vahine.jpg?200|}}|| |
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| Ce procédé permet d'obtenir toute la gamme des microorganismes usuels intéressants. | Ce procédé permet d'obtenir toute la gamme des microorganismes usuels intéressants. |
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| Il est aussi possible de demander à un lycée possédant des sections STL-BGB ou des BTS/DUT les souches usuelles. Les collègues devraient accepter sans difficultés tant que les souches restent à priori non pathogènes. Reste le problème de la traçabilité… | Il est aussi possible de demander à un lycée possédant des sections STL-BGB ou des BTS/DUT les souches usuelles. Les collègues devraient accepter sans difficultés tant que les souches restent à priori non pathogènes. |
| | Reste le "faux" problème de la traçabilité… |
| | ===== Traçabilité ===== |
| | La traçabilité est utile pour suivre les souches utilisées. Elle est toutefois difficile à mettre en œuvre : savoir quelle est la souche manipulée pendant un TP par tel élève n'a pas vraiment d'intérêt car il faut être sûr de la réalité de l'écrit. Une souche peut avoir changé après la préparation, la tenue d'un tel travail est complexe pour un résultat sans grand intérêt. |
| | Quant à la nature des souches il sera difficile de l'affirmer : retrouver une facture de souche achetée 20 ans auparavant est d'autant plus complexe que les archives ont pu être détruites… et aucune assurance sérieuse ne peut être donnée sur l'identité de la souche d'aujourd'hui et celle achetée… même récemment. \\ |
| | Quand on est un peu sérieux, on fait une analyse de risque : la plupart des bactéries manipulées ne sont pas pathogènes ou peu pathogènes, les élèves ne sont pas immunodéprimés (ou sont à protéger particulièrement si cela est la cas), s'ils manipulent des souches dangereuses doivent être compétents… Combien de malades observe-t-on ? |
| | Voir [[delire_securitaire|commentaire]] |
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| jean noël joffin revu le 23 mars 2013 et 1 octobre 2024 | jean noël joffin revu le 23 mars 2013 et 1 octobre 2024 |
| complété par Michel CAVALLA ENS Lyon Lycée Ambérieu | complété par Michel CAVALLA ENS Lyon Lycée Ambérieu |
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