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orientation_identification [2024/10/09 18:32] – [Deux tests enzymatiques peuvent être réalisés] techmicrobio57orientation_identification [2024/10/10 14:54] (Version actuelle) – [Deux tests enzymatiques peuvent être réalisés] techmicrobio57
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-EN TRAVAUX   les liens non fonctionnels ont été rétablis le 2 mai 2021 +Des travaux sont encore nécessaires pour optimiser cette page et les pages liées.
-(cette approche est destinée aux enseignements des techniciens de laboratoires… et peut difficilement prétendre être exhaustive !)+
  
-ATTENTION : il arrive très fréquemment que la recherche soit orientée par des milieux spéciaux (recherche des Mycobactéries, des Legionella, des Salmonella…)+ATTENTION : il arrive très fréquemment que la recherche soit orientée par des milieux spéciaux (recherche des Mycobactéries, des //Legionella//, des //Salmonella//…)
  
 Face à l’identification d'une bactérie isolée sur une gélose (ou plusieurs), la première opération est de réaliser la macroscopie et de s'interroger sur la nature de la gélose et de l'atmosphère d'incubation. Face à l’identification d'une bactérie isolée sur une gélose (ou plusieurs), la première opération est de réaliser la macroscopie et de s'interroger sur la nature de la gélose et de l'atmosphère d'incubation.
 +L'origine de la bactérie (le contexte) a une certaine importance : il arrive souvent que l'on "aille à la pêche" de certaines bactéries (comme les //Salmonella//).
  
 ====== 1. La bactérie ne cultive qu'en anaérobiose : ====== ====== 1. La bactérie ne cultive qu'en anaérobiose : ======
-  + attention, cette orientation n'est possible que si l'absence de culture est mise en évidence !
-attention, cette orientation n'est possible que si l'absence de culture est mise en évidence !+
  
-[[OR_AnaStrictes|orientation Anaérobies strictes]]+^[[OR_AnaStrictes|orientation Anaérobies strictes]]^
  
 ====== 2. La bactérie ne cultive qu'en microaérophilie : ====== ====== 2. La bactérie ne cultive qu'en microaérophilie : ======
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 attention cette orientation n'est possible qu'en absence de culture en anaérobiose et en aérobiose… attention cette orientation n'est possible qu'en absence de culture en anaérobiose et en aérobiose…
  
-[[Or_microaerophiles|orientation Bactéries Gram - microaérophiles]]+^[[Or_microaerophiles|orientation Bactéries Gram - microaérophiles]] ^
  
 Dans le cas contraire : la bactérie est aérobie ou aéroanaérobie Dans le cas contraire : la bactérie est aérobie ou aéroanaérobie
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 L'ensemble des renseignements permet une orientation vers des groupes de bactéries. L'ensemble des renseignements permet une orientation vers des groupes de bactéries.
 Une galerie d'identification biochimique est réalisée, en fonction de ces renseignements, pour identifier avec plus de précision le taxon. Une galerie d'identification biochimique est réalisée, en fonction de ces renseignements, pour identifier avec plus de précision le taxon.
 +=== ORIENTATION ===
  
 ---- ----
-^ BACTÉRIE DE CULTURE FACILE ^+^ ==== BACTÉRIE DE CULTURE FACILE ==== ^
  
 ^ BACTÉRIE GRAM - de culture facile ^ ^ BACTÉRIE GRAM - de culture facile ^
  
 ^Oxydase +^ ^Oxydase +^
 +|* coque : [[OR_Neisseria_Moraxella|orientation Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile]] (Neisseriaceae ou Moraxellaceae)|
 +|* bacille ou coccobacille : bactérie dite NE (non entérobactérie) : [[OR_Bg-NE|orientation bactéries gram - aérobie stricte]] (Pseudomonas et apparentés, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae)|
 +
  
-* coque : [[OR_Neisseria_Moraxella|orientation Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile]] (Neisseriaceae ou Moraxellaceae) 
  
-* bacille ou coccobacille : bactérie dite NE (non entérobactérie) : [[OR_Bg-NE|orientation bactéries gram - aérobie stricte]]   
-(Pseudomonas et apparentés, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae)  
-^Oxydase -^  
-* coque : [[OR_Acinetobacter|orientation vers Acinetobacter]] (diplocoques). La détermination de la forme est souvent très délicate…) 
-* bacille ou coccobacille 
-  * à ciliature polaire : [[OR_Bg-NE|orientation Bactéries Gram - Non Enterobactéries]] voir : Pseudomonas et apparentés, Stenotrophomonas, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae oxydase -) 
-  * à ciliature péritriche ou immobile : [[OR_Enterobacterales|orientation Enterobactérales]] (Enterobacteriaceae et autres) 
  
-^ BACTÉRIE GRAM + de culture facile ^ 
  
-^Catalase +^ 
  
-* coque : [[OR_Cg+catalase+|orientation coques gram positif catalase positive]] (Staphylococcaceae ou Micrococcaceae) 
- 
-* bacille : orientation bacille gram + aérobie 
-  * sporulé : [[or_bg+sporulés|orientation Bacillaceae et apparentés]] 
-  * acidoalcoolorésistant (BAAR) culture souvent très difficile [[or_mycobacteries|orientation Mycobactéries]] 
-  * formes pseudomycélienne orientation vers Actinomycétales NON RÉALISÉ 
-  * formes irrégulières : (massues, haltères) [[or_corynebacteries|orientation Corynebactéries]] 
-  * formes régulières : [[or_listeria|orientation Listeria]] 
- 
-^Catalase -^ 
- 
-* coque : [[or_cg+_catalase-|orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies]] (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…) 
-* bacille :formes régulières (normalement de culture difficile) : [[or_lactobacillus|orientation Lactobacillus]] 
  
  
 +^Oxydase -^ 
 +|* coque : [[OR_Acinetobacter|orientation vers Acinetobacter]] (diplocoques). La détermination de la forme est souvent très délicate…)|
 +|* bacille ou coccobacille|
 +|  * à ciliature polaire : [[OR_Bg-NE|orientation Bactéries Gram - Non Enterobactéries]] voir : Pseudomonas et apparentés, Stenotrophomonas, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae oxydase -)|
 +|  * à ciliature péritriche ou immobile : [[OR_Enterobacterales|orientation Enterobactérales]] (Enterobacteriaceae et autres)|
  
 +^ BACTÉRIE GRAM + de culture facile ^
  
 +^Catalase +^
 +|* coque : [[OR_Cg+catalase+|orientation coques gram positif catalase positive]] (Staphylococcaceae ou Micrococcaceae)|
 +|* bacille : orientation bacille gram + aérobie|
 +|  * sporulé : [[or_bg+sporulés|orientation Bacillaceae et apparentés]]|
 +|  * acidoalcoolorésistant (BAAR) culture souvent très difficile [[or_mycobacteries|orientation Mycobactéries]]|
 +|  * formes pseudomycélienne orientation vers Actinomycétales NON RÉALISÉ|
 +|  * formes irrégulières : (massues, haltères) [[or_corynebacteries|orientation Corynebactéries]]|
 +|  * formes régulières : [[or_listeria|orientation Listeria]]|
  
 +^Catalase -^
 +|* coque : [[or_cg+_catalase_neg|orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies]] (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…)|
 +|* bacille :formes régulières (normalement de culture difficile) : [[or_lactobacillus|orientation Lactobacillus]]|
  
  
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-^BACTÉRIE DE CULTURE DIFFICILE^+^ ==== BACTÉRIE DE CULTURE DIFFICILE ==== ^
  
 La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire. La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire.
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 ^ BACTÉRIE GRAM - de culture difficile ^ ^ BACTÉRIE GRAM - de culture difficile ^
 ^Oxydase +^ ^Oxydase +^
-* coque : orientation vers [[or_neisseria_moraxella|Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes]] de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae…) +|* coque : orientation vers [[or_neisseria_moraxella|Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes]] de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae…)| 
-* bacille ou coccobacille : orientation vers [[or_pasteurellaceae|orientation Pasteurellaceae]] (dont //Haemophilus//)+|* bacille ou coccobacille : orientation vers [[or_pasteurellaceae|orientation Pasteurellaceae]] (dont //Haemophilus//)|
  
 ^Oxydase -^ ^Oxydase -^
-* bacille ou coccobacille, ciliature absente : orientation vers [[or_pasteurellaceae|orientation Pasteurellaceae]]+|* bacille ou coccobacille, ciliature absente : orientation vers [[or_pasteurellaceae|orientation Pasteurellaceae]]|
  
 ^ BACTÉRIE GRAM + de culture difficile ^ ^ BACTÉRIE GRAM + de culture difficile ^
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 ^Catalase -^ ^Catalase -^
-* coque : orientation vers orientation [[or_cg+_catalase-|Coques Gram positive catalase négative]] aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…)+|* coque : orientation vers orientation [[or_cg+_catalase-|Coques Gram positive catalase négative]] aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…)| 
 +|* bacille de formes régulières : [[or_lactobacillus|orientation Lactobacillus]]| 
 +|* Acido-alcoolo-résistant : orientation vers  [[or_mycobacteries|orientation Mycobactéries]]|
  
-* bacille de formes régulières : [[or_lactobacillus|orientation Lactobacillus]] 
  
-* Acido-alcoolo-résistant : orientation vers  [[or_mycobacteries|orientation Mycobactéries]] 
  
  
  
-signaler les erreurs ou les confusions… +----
 Remarques : Remarques :
  
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 Pour nombre de bactéries, l'isolement n'est possible que sur un milieu spécifique : l'orientation ne sera possible qu'avec la connaissance de ce milieu. C'est le cas pour les mycobactéries tuberculeuses, pour les Legionella… Leur recherche est donc orientée. Pour nombre de bactéries, l'isolement n'est possible que sur un milieu spécifique : l'orientation ne sera possible qu'avec la connaissance de ce milieu. C'est le cas pour les mycobactéries tuberculeuses, pour les Legionella… Leur recherche est donc orientée.
  
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 signaler les erreurs ou les confusions… signaler les erreurs ou les confusions…

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