On entend souvent dire, lors des examens, qu'il n'y a plus de famille, sauf les Enterobacteriaceae parmi les bactéries… Ce n'est pas l'opinion de Bergey's et de nombreux bactériologistes.
En effet, nous nous heurtons, de part notre approche phénotypique limitée, à la difficulté majeure de définir les familles, classes, et autres subdivisions car le genre n'est pas non plus très bien cerné. Nous nous heurtons aussi à la volonté de cadrer des notions qui ne peuvent pas l'être et sommes très heureux de pouvoir dire qu'une Entérobactérie est un bacille Gram négatif, de type fermentatif, aéroanaérobie, oxydase -, réduisant les nitrates en nitrites, cultivant sur gélose ordinaire…
Pourtant, chacun sait que cette définition ne peut qu'être fausse, d'une part par les nombreuses exceptions (Plesiomonas oxydase +, Klebsiella réduisant les nitrates en diazote, Yersinia et Shigella ne réduisant pas les nitrates…), d'autre part par une définition fondée uniquement sur des caractères phénotypiques.
Il ne faut pas oublier que les classifications actuelles sont génotypiques et philogénétiques… L'espèce est assez clairement définie (homologie DNA-DNA…) mais les groupes supérieurs se heurtent à l'absence d'une telle approche « rigoureuse ». Il n'empêche que l'étude des DNA des RNA ribosomiaux 16S, de certaines protéines permet de subdiviser le monde bactérien, et que les groupes issus de ces études sont publiés et permettent une approche intéressante de ce monde.
J'ai extrait du Bergeys manual toutes les bactéries intéressant principalement la bactériologie médicale. Il n'est probablement pas à jour et le sera dès que possible. lire
Il est évident très gênant de s'apercevoir que les Pseudomonas et les Entérobactéries sont très proches et très proches des Staphylococcus, que les Mycoplasmes sont Gram + ou du moins issus de Gram + etc…
Les noms changent… Les groupements changent…
L'ensemble baptisé Entérobactéries a été divisé en nombre de nouvelles familles regroupées dans l'ordre des Entérobactérales. La famille des Entérobactéries reste mais est réduite. Lire l'article Enterobactérales dans Wikipedia https://fr.wikipedia.org/wiki/Enterobacterales
Ce bacille gram - oxydase + devient Proteus shigelloides ! Comment définir alors la famille des Entérobactéries…
devient Klebsiella_granulomatis ! https://fr.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_granulomatis
devient Klebsiella aerogenes ! Traditionnellement les Klebsiella étaient considérées comme immobiles… mais aerogenes vient troubler ces critères… https://fr.wikipedia.org/wiki/Klebsiella et https://fr.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_aerogenes