| Prochaine révision | Révision précédente |
| antibiogrammes [2024/10/05 14:37] – créée techmicrobio | antibiogrammes [2024/10/05 15:46] (Version actuelle) – [Les bétalactamases à spectre élargi/étendu (BLSE ou ESBL)] techmicrobio |
|---|
| ====== Antibiogrammes et CMI ====== | ====== Antibiogrammes et CMI ====== |
| Quelques images et propos sur des antibiogrammes réalisés au Lycée Paul Éluard | Quelques images et propos sur des antibiogrammes réalisés au Lycée Paul Éluard |
| ===== Quelle méthode pour l'antibiogramme ? ===== | ==== Quelle méthode pour l'antibiogramme ? ==== |
| |
| Problèmes posés par l'inondation : | Deux grandes techniques manuelles sont possibles pour la réalisation de l'antibiogramme en boite : |
| J'ai observé, lors de la confection de l'antibiogramme, un problème majeur : des goutellettes de suspension versée sur la boîte "volent" vers l'extérieur et contaminent donc la paillasse ou les mains du manipulateur. De plus, ces goutellettes étaient très fines et pratiquement invisibles : un oeil de myope s'avèrait là très utile ! | * L'inondation par une suspension bactérienne (diluée) |
| Une solution, l'écouvillonnage : | * Étalement à l'écouvillon d'une suspension bactérienne (diluée) permettant la culture en nappe |
| Or, il est tout à fait possible d'utiliser une autre technique que l'inondation : il s'agit de réaliser la culture en nappe à l'aide d'un écouvillon. Ce mode n'est pas nouveau mais semble très peu pratiqué, tant dans les établissements scolaires que dans les laboratoires hospitaliers. | |
| Pourtant elle est de réalisation simple et efficace, évite tout problème de séchage de la boîte et donne des résultats tout à fait satisfaisants. Pour des bacilles Gram -, j'ai utilisé le protocole suivant : | Mais des problèmes se posent pour l'inondation : |
| • | J'ai observé, lors de la confection de l'antibiogramme, un problème majeur : des goutellettes de suspension versée sur la boîte "volent" vers l'extérieur et contaminent donc la paillasse ou les mains du manipulateur. De plus, ces goutellettes étaient très fines et pratiquement invisibles : un œil de myope s'avérait là très utile ! |
| o une pointe de pipette Pasteur prélève une petite parcelle de colonie | |
| o report dans 5 mL d'eau stérile | C'est pour cela entre autres que s'impose aujourd'hui la technique de l'écouvillonage : |
| o trempage de l'écouvillon | Elle est de réalisation simple et efficace, évite tout problème de séchage de la boîte et donne des résultats tout à fait satisfaisants. Pour des bacilles Gram -, j'ai utilisé le protocole suivant : |
| o ensemencement de la boîte par stries très serées en tournant la boîte de façon à ensemencer toute la surface correctement. | - une pointe de pipette Pasteur prélève une petite parcelle de colonie |
| | - report dans 5 mL d'eau stérile |
| | - trempage de l'écouvillon |
| | - ensemencement de la boîte par stries très serées en tournant la boîte de façon à ensemencer toute la surface correctement. |
| La sécurité microbiologique est ainsi assurée puisqu'aucune goutellette ne se forme. La vitesse de manipulation est plus grande. On peut réaliser l'antibiogramme au dernier moment (pas de séchage). Le coût est similaire : une pipette contre un écouvillon. | La sécurité microbiologique est ainsi assurée puisqu'aucune goutellette ne se forme. La vitesse de manipulation est plus grande. On peut réaliser l'antibiogramme au dernier moment (pas de séchage). Le coût est similaire : une pipette contre un écouvillon. |
| Qu'en pensez-vous ? | Qu'en pensez-vous ? |
| Voici un exemple de résultat obtenu pour une bactérie urinaire malencontreusement contaminée par un Enterococcus. On remarquera l'évidence du contaminant malgré les défauts de la numérisation de l'image. | Voici un exemple de résultat obtenu pour une bactérie urinaire malencontreusement contaminée par un Enterococcus. On remarquera l'évidence du contaminant malgré les défauts de la numérisation de l'image. |
| | {{:ab:ab_ecouvillon.jpg?400|}} |
| | |
| | |
| Que dit la SFM ? | |
| En France, c'est la Societé française ed microbiologie qui normalise l'antibiogramme. Chaque année, un communiqué est publié. | |
| La dernière version du Comité de l'Antibiogramme de la SFM préconise soit l'inondation, soit l'écouvillonnage. Il semble, à la lecture, que la façon d'insister sur la sécurité montre une prise de conscience des problèmes que pose l'inondation en pratique courante de laboratoire. | |
| | |
| Ces pages ont été écrites, pour l'instant, par Jean Noël Joffin qui souhaite que vous lui transmettiez vos critiques pour qu'elles deviennent une oeuvre collective. Merci. | |
| Résistance hétérogène de Serratia ? | |
| L'image ci-dessous montre de curieux phénomènes autour de AM ou AMC : de petites colonies figurent dans la zone d'inhibition. On pourrait penser à une résistance hétérogène : dans le clone existerait des individus résistants à A. | |
| Qu'en pensez-vous ? | |
| | |
| Merci | |
| |
| | ==== Résistance hétérogène de Serratia ? ==== |
| | |
| | L'image ci-dessous montre de curieux phénomènes autour de AM ou AMC : de petites colonies figurent dans la zone d'inhibition. On pourrait penser à une résistance hétérogène : dans le clone existerait des individus résistants à A. Qu'en pensez-vous ? |
| | {{:ab:ab_r_heterogene.jpg?400|}} |
| ==== Un exemple d'antibiogramme d'un mélange ==== | ==== Un exemple d'antibiogramme d'un mélange ==== |
| |
| Une galerie api20E réalisée sur ce qui devait être une colonie donne les résultats suivants : | Une galerie api20E réalisée sur ce qui devait être une colonie donne les résultats suivants : |
| | |
| L'analyse montre clairement la présence d'un Proteus mirabilis probable mais avec des caractères anormaux, utilisation de nombreux glucides, ONPG, production d'Indole… Le soupçon s'installe : un Escherichia coli a du se glisser aux côtés du Proteus ! | L'analyse montre clairement la présence d'un //Proteus mirabilis// probable mais avec des caractères anormaux, utilisation de nombreux glucides, ONPG, production d'Indole… Le soupçon s'installe : un //Escherichia coli// a du se glisser aux côtés du //Proteus// ! |
| Un antibiogramme a été réalisé en même temps. | Un antibiogramme a été réalisé en même temps. |
| En voici l'image : | En voici l'image : |
| | {{:ab:ab_melange.jpg?400|}} |
| | |
| L'antibiogramme montre clairement deux bactéries (les densités sont différentes) avec une souche | L'antibiogramme montre clairement deux bactéries (les densités sont différentes) avec une souche |
| • résistante au SXT (triméthoprime) | * résistante au SXT (triméthoprime) |
| • résistant mieux au mélange AMC (augmentin® acide clavulanique + amoxicilline) | * résistant mieux au mélange AMC (augmentin® acide clavulanique + amoxicilline) |
| • très sensible à lPM (imipénème) | * très sensible à lPM (imipénème) |
| • avec une image curieuse entre PB et CIP qu'il faudrait analyser… | * avec une image curieuse entre PB et CIP qu'il faudrait analyser… |
| Bonne lecture ! | Bonne lecture ! |
| | |
| ===== CMI en microplaque ===== | ==== CMI en microplaque ==== |
| |
| À l'occasion de la formation de techniciens de laboratoire à Bangui en république centrafricaine, nous avons réalisé une manipulation classique, la mesure de la CMI à un antibiotique (amoxicilline injectable). | À l'occasion de la formation de techniciens de laboratoire à Bangui en république centrafricaine, nous avons réalisé une manipulation classique, la mesure de la CMI à un antibiotique (amoxicilline injectable). |
| Le but sous-jacent de la manipulation est la réalisation de dilutions en série pour vérifier la capacité à bien pipeter et à suivre un protocole. Ce travail est classique en immunologie mais ici le cout est extrêmement faible car l'antibiotique ne vaut pas grand chose, le bouillon nutritif et la souche non plus ! | Le but sous-jacent de la manipulation est la réalisation de dilutions en série pour vérifier la capacité à bien pipeter et à suivre un protocole. |
| La souche utilisée est un E. coli banal. | Ce travail est classique en immunologie mais ici le cout est extrêmement faible car l'antibiotique ne vaut pas grand chose, le bouillon nutritif et la souche non plus ! |
| L'antibiotique est du Clamoxyl injectable (flacon de 1 g, solution utilisée de 256 µg/mL) | La souche utilisée est un //E. coli// banal. |
| | L'antibiotique est du Clamoxyl (amoxicilline) injectable (flacon de 1 g, solution utilisée de 256 µg/mL). Le choix de l'injectable est l'assurance d'avoir un soluté stérile et soluble… |
| | {{:ab:ab_microplaque_pb.jpg?400|}} |
| Résultats : | Résultats : |
| La ligne A montre un erreur grossière | La ligne A montre un erreur grossière |
| | |
| Quand un stagiaire se trompe, il est possible de faire faire, vu les lignes vides (la conservation de la plaque pour des tp ultérieurs n'étant pas souhaitable au vu des bactéries vivantes de la plaque…), une série de dilutions au 1/2 d'un colorant concentré pour l'entrainer aux dilutions (pour un cout nul) : | Quand un stagiaire se trompe, il est possible de faire faire, vu les lignes vides (la conservation de la plaque pour des tp ultérieurs n'étant pas souhaitable au vu des bactéries vivantes de la plaque…), une série de dilutions au 1/2 d'un colorant concentré pour l'entrainer aux dilutions (pour un cout nul) : |
| | |
| | {{:ab:ab_microplaque_colorant.png?400|}} |
| | |
| Bonne lecture… | Bonne lecture… |
| | ==== Les bétalactamases à spectre élargi/étendu (BLSE ou ESBL)==== |
| |
| |
| | Les bétalactamases à spectre élargi/étendu, donnent des images très classiques de bouchon de champagne entre les disques de type Céphalosporine de 3e génération et un disque contenant de l'acide clavulanique. Il n'est pas facile d'expliquer de telles images… |
| | |
| | Voici une proposition pour tenter de comprendre : |
| | |
| | |
| | |
| | En haut, pour //E. coli// (merci à Mélanie Dufaux pour l'image), les zones où les cercles se rejoignent représentent en violet la zone où l'acide clavulanique est efficace. Ces cercles ont le même diamètre… montrant donc que l'acide clavulanique agit à la même concentration. Le positionnement pour le disque de CTX (entouré d'orange) est le même par rapport aux autres disques. |
| | En bas, le cercle rouge montre là aussi l'acide clavulanique. Le croisement des disques violet et rouge montre aussi l'action conjointe des deux molécules. |
| | On peut donc penser que c'est bien l'acide clavulanique qui est en cause et déclenche la synergie : il inhibe la BLSE permettant, dans la zone d'intersection, l'action de l'autre antibiotique (la C3G). |
| | {{:ab:blse_ecoli.jpg?400|}} |
| | |
| | À vos critiques… |
